Desde a Idade Média até ao século XIX, a Cidade de Omura foi o centro do território governado pela Casa de Omura. 

Na segunda metade do seculo XVI, no tempo de Sumitada Omura, o território controlado por este senhor feudal compreendia todas as terras que rodeiam a baia de Omura (a baia é quase uma lagoa, visto ter uma só estreita passagem para o mar). É nesta altura que se forma a primeira povoação em torno do castelo Sanjo (hoje no centro de Omura).

É neste período que Sumitada Omura explora uma pequena aldeia, chamada Nagasáqui, como porto de mar para o comércio com um povo estranho recentemente chegado a estas paragens: os portugueses. 

Com a chegada dos portugueses, esta região e toda a ilha de Kyushu passam por um período de grande prosperidade e desenvolvimento. Sumitada Omura converte-se ao cristianismo tornando-se no primeiro Daimyo (senhor feudal) cristão. Aparece em diversos documentos na Europa como Dom Bartolomeu, o primeiro "Rei" cristão no Japão. 

Com a proibição do cristianismo (e o isolamento do Japão ao exterior), que será mantida até à era Meiji (1868), o controlo de Nagasáqui, onde existe uma ligeira abertura aquele isolamento, é efectuado directamente pelo Shogun (nome atribuído aos generais que governavam o Japão). O contacto con os estrangeiros é permitido, somente, em Dejima - uma pequena ilha artificial construída em Nagasáqui. Após a partida dos portugueses, Dejima é utilizada, apenas, pelos holandeses. 

Em 1599, Yoshiaki Omura - o filho de Sumitada - construiu o castelo de Kushima e obrigou os samurais (guerreiros), seus vassalos, a mudarem-se das suas próprias terras para o redor do novo castelo. Com este processo de "urbanização", formaram-se as primeiras ruas dos samurais. Estas ruas, juntamente com as ruas dos vilãos (actual centro da cidade) formavam a vila de Omura, o arquétipo da cidade actual.

Com o advento da Restauração Meiji e a devolução do poder ao imperador, que havia sido perdido para os Shoguns desde o século XII, inicia-se o desenvolvimento e a modernização do Japão. Na luta para a restauração do poder imperial, também Omura teve um papel importante, particularmente através dos 37 guerreiros restauradores de Omura. Com esta mudança política, o castelo de Kushima é destruido e termina a influência do clã Omura. Este novo período foi, igualmente, rico para Omura destacando-se figuras famosas, tal como Sensai Nagayo, o pai da medicina moderna no Japão. 

Actualmente a cidade de Omura desempenha um papel importantissimo dentro da prefeitura de Nagasáqui. A auto-estrada e o aeroporto de Nagasáqui, localizado numa ilha em frente de Omura, transformaram a cidade na porta da prefeitura. Por isso, estão a ser construido os complexos de "Omura High-Tech Park" e o "Office Park Omura", tendo a cidade desenvolvido uma política agressiva para atrair novas empresas e indústrias. Embora a prefeitura de Nagasáqui, esteja a perder população, a população de Omura continua com um crescimento constante. Omura tem como objectivo tornar-se na cidade japonesa com maior percentagem de falantes em língua inglesa, pois compreendeu a necessidade de desenvolver pessoas capazes de enfrentar os desafios da internacionalização neste século XXI.